Berikut senarai nama pengetua yang telah berkhidmat di SMK Skudai :
1. En. Othman bin Abdullah (1984 – Mac 1991)
2. Tn. Hj. Abdullah bin Idrus (April 1991 – Julai 1992)
3. En. Sharriffudin bin Mahmud (Ogos 1992 – Oktober 1992)
4. Tn. Hj. Jamian bin Mos (November 1992 – Julai 1999)
5. En. Jaafar bin Abd Hamid (Julai 1999 – Jun 2001)
6. Tn. Hj. Abd Jalal bin Hj. Abd Latif (Ogos 2001 – Disember 2002)
7. En. Ramlan bin Sariman (Januari 2003 – Julai 2003)
8. Tn. Hj. Mohd Amin bin Anis (Januari 2004 – Februari 2008)
9. Pn. Hjh. Norizah binti Abd Manap (Februari 2008 – Disember 2008)
10. Pn. Hjh. Rahmah Muhammad (Januari 2009 – Ogos 2010)
11. Pn. Hjh. Siti Inshah binti Mansor (November 2010 – Disember 2011)
12. Tn. Hj. Hamsi bin Jamhari (Disember 2011 – Jun 2012)
13. Pn. Hjh. Zalila binti Junid (Julai 2012 – November 2014)
14. Pn. Zuraidah binti Said (Disember 2014 – Oktober 2017)
15. En. Razali Bin Tamadi (Oktober 2017 – Jun 2020)
16. Pn. Sharifah Junaidah Binti Syed Abd Rahman (Jun 2020 – 4 Oktober 2022)
17. Pn. Hjh. Rostena binti Ismail ( 5 Oktober 2022 – Kini)
