Berikut senarai nama pengetua yang telah berkhidmat di SMK Skudai :

1. En. Othman bin Abdullah (1984 – Mac 1991)

2. Tn. Hj. Abdullah bin Idrus (April 1991 – Julai 1992)

3. En. Sharriffudin bin Mahmud (Ogos 1992 – Oktober 1992)

4. Tn. Hj. Jamian bin Mos (November 1992 – Julai 1999)

5. En. Jaafar bin Abd Hamid (Julai 1999 – Jun 2001)

6. Tn. Hj. Abd Jalal bin Hj. Abd Latif (Ogos 2001 – Disember 2002)

7. En. Ramlan bin Sariman (Januari 2003 – Julai 2003)

8. Tn. Hj. Mohd Amin bin Anis (Januari 2004 – Februari 2008)

9. Pn. Hjh. Norizah binti Abd Manap (Februari 2008 – Disember 2008)

10. Pn. Hjh. Rahmah Muhammad (Januari 2009 – Ogos 2010)

11. Pn. Hjh. Siti Inshah binti Mansor (November 2010 – Disember 2011)

12. Tn. Hj. Hamsi bin Jamhari (Disember 2011 – Jun 2012)

13. Pn. Hjh. Zalila binti Junid (Julai 2012 – November 2014)

14. Pn. Zuraidah binti Said (Disember 2014 – Oktober 2017)

Zuraidah Said 2016

15. En. Razali Bin Tamadi (Oktober 2017 – Jun 2020)

Razali Tamadi 2018

16. Pn. Sharifah Junaidah Binti Syed Abd Rahman (Jun 2020 – Kini)

Pn.-Sharifah-Junaidah-Binti-Syed-Abd-Rahman-2020

Telah dikemaskini pada 17 Januari 2021.