Sekolah Menengah Kebangsaan Skudai mula dibina pada tahun 1982 di kawasan seluas 19.7 ekar dan mula beroperasi pada tahun 1984 dengan nama sekolah Sekolah Menengah Rendah Skudai. Pada asalnya, sekolah ini terdiri daripada dua blok bangunan dua tingkat yang mengandungi 12 bilik darjah, pejabat, bilik guru, dua makmal sains, bilik jahitan, bilik masakan, bilik sumber, bilik sembahyang, tandas dan beberapa bilik stor. Selain itu, terdapat juga satu blok bengkel seni pertukangan dan sebuah blok kantin.

Sekolah ini mula beroperasi dengan tenaga pengajar seramai 27 orang dan 789 pelajar. Di samping itu, terdapat seramai enam orang kakitangan sokongan. Pengetua pertama sekolah ini ialah Encik Osman bin Abdullah. Sekolah ini dibuka dengan rasminya oleh Yang Berhormat Datuk Seri Anwar Ibrahim, Menteri Pendidikan Malaysia pada 11 September 1986.

Mulai tahun 1985, beberapa blok bangunan baru telah dibina untuk menampung bilangan pelajar yang semakin bertambah. Antaranya ialah dua blok bangunan projek gotong royong yang mengandungi lapan bilik darjah yang diberi nama blok D dan blok G, satu blok bangunan dua tingkat yang mengandungi lapan bilik darjah dan tiga makmal sains serta bilik-bilik khas yang diberi nama blok E. Sebuah blok tiga tingkat yang mengandungi tiga buah makmal, 9 bilik darjah, sebuah bilik masakan dan jahitan, sebuah bengkel seni dan dua buah bilik khas telah dibina dan dinamakan sebagai blok F. Sebuah bangunan tiga tingkat yang mengandungi 3 makmal sains, sebuah dewan, 8 bilik darjah, dan 3 bilik khas yang diberi nama blok A. Pada tahun 2007, bangunan makmal komputer mula dibina dan telah siap pembinaannya pada Oktober 2008. Hasil daripada sumbangan daripada pelajar, guru-guru dan PIBG, sebuah surau dengan keluasan 40 x 40 kaki persegi telah siap dibina dan digunakan pada Februari 2009.

Pertambahan pelajar terus meningkat dari tahun ke tahun. Pada sesi persekolahan 1992/93, bilangan pelajar sekolah ini berjumlah seramai 2938 orang dengan tenaga pengajar 130 orang dan 16 kakitangan sokongan. Walaubagaimanapun, dengan siapnya Sekolah Menengah Taman Universiti, Sekolah Menengah Taman Universiti 2, Sekolah Menengah Mutiara Rini 1 dan 2, Sekolah Menengah Desa Skudai serta Sekolah Menengah Kangkar Pulai, bilangan pelajar Sekolah Menengah Skudai telah berkurangan sebanyak 17%.

Pada April 2001, sekolah ini telah dipilih oleh Jabatan Pendidikan Negeri Johor untuk membuka kelas bagi tingkatan 6. Pada peringkat permulaannya seramai 54 orang pelajar telah memulakan kelas pada bulan Mei. Kebanyakan pelajar tingkatan 6 adalah daripada sekolah sekitar Skudai.

Pada sesi persekolahan 2004, kelas peralihan di sekolah ini telah ditutup secara rasmi dengan kebenaran JPNJ dan PPD Johor Bahru kerana kekurangan bilik darjah bagi menampung pertambahan kelas pelajar tingkatan 6.

Pada tahun 2004 juga, SMK Skudai telah dinaik taraf sebagai sekolah menengah separuh kawalan daerah Johor Bahru di mana kelas kawalan tingkatan 1 dibuka kepada pelajar tingkatan 1 yang memperoleh 4A, 5A, 6A dan 7A dari sekolah persekitaran Skudai. Pada tahun diasaskan, hanya sebuah kelas kawalan tingkatan 1 dibuka, namun demikian bilangannya telah meningkat kepada 3 buah kelas bagi tingkatan 1, 2 dan 3 pada tahun 2009.

Pada bulan September 2013, melalui sumbangan dari guru-guru, koperasi sekolah dan PIBG, bumbung di bahagian pentas dataran ilmu yang melibatkan kos sebanyak RM 30,000 telah siap dibina.

Dari tahun demi tahun, SMK Skudai telah mengukir nama dengan mencapai kejayaan dalam bidang kurikulum dan kokurikulum.